Самарканд в составе Российской империи
2 мая 1868 года Самарканд был завоёван русскими войсками под руководством генерала Кауфмана и
присоединён к Российской империи. Самарканд стал центром Зеравшанского округа, преобразованного в 1887 году в Самаркандскую область.
В том же году гарнизон Самарканда под командованием генерал-майора и барона Фридриха фон Штемпеля отразил попытку самаркандцев свергнуть российскую власть.
В 1888 году к вокзалу города была подведена Закаспийская железная дорога, которая впоследствии была продолжена на восток и стала называться Самарканд-Андижанская, впоследствии после объединения двух дорог образовалась Средне-Азиатская железная дорога.
Самарканд был разделён на так называемую «туземную» (имеется в виду местное население) и европейскую (русскую) части.
В 1892 году в русской части Самарканда проживало 10 115 жителей разной национальности и вероисповедания. Численностью преобладали православные христиане (7446 человек) и мусульмане-сунниты (1054 человека).
Также в городе проживали 68 католиков, 75 протестантов, 485 иудеев, 416 так называемых раскольников и 71 человек, исповедующий армяно-григорианскую веру.
Для всех этих новых жителей строились церкви, молельные дома и храмы. В новом городе открылись первые гостиницы, рестораны, трактиры европейского образца, первая сеть магазинов; появились почтовая связь и телеграф.
Больницы и медицинские пункты были малочисленны и появились много позднее (в начале XX века). В городе были построены здания европейского типа (для банков, аптек и других организаций).
Джадиды Самарканда
В начале XX века выходцами из Самарканда были крупные деятели реформистского движения в Туркестане — джадиды Ходжи Муин Шукруллаев и Махмуд Ходжа Бехбуди.
Вершиной писательского мастерства Бехбуди является драма «Падаркуш» («Отцеубийца»), вышедшая в Самарканде в 1911 году.
В 1913 году Бехбуди начал выпуск газеты «Самарканд» на узбекском и таджикском языках. В 1917 году он был избран в Учредительное собрание от Самаркандского избирательного округа по списку № 2 (мусульманские организации Самаркандской области).